药用植物冬凌草高通量转录组测序与分析

摘要

目的:利用下述的方法,获得了冬凌草的高通量转录组数据,为冬凌草二萜生物合成途径的关键基因提供了数据来源,并研究了冬凌草的EST-SSR分子标记.方法:使用Illumina HiSeq 4000高通量测序技术,Trinity的从头组装方法,序列拼接和重复数据删除处理;基于BLAST,Unigene编码蛋白NR功能注释,GO分类,KEGG代谢途径注释和分类,功能基因挖掘,SSR分子标记挖掘.结果:从两个不同的叶和茎组织中获得冬凌草12 GB转录组数据,3 7961个Uni基因基因,平均长度为1063 bp;在冬凌草的转录组中有60个unigenes和参与类固醇骨骼合成的茎,6Unigene参与各种萜类化合物的合成.在二萜类化合物的合成中涉及26种unigenes.在叶和茎组织中有4,565个差异表达的基因,其中1668个在茎中较高.有2697个高表达和15个差异表达基因与二萜合成有关.结论:本研究为冬凌草二萜类生物合成途径的开发和分子育种基因提供了关键数据,为进一步的生物合成途径和调节机制提供了有效成分冬凌草甲素的研究.