罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)卵巢发育不同时期转录组分析

摘要

为发掘罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)卵巢发育过程中的重要功能基因,采用Illumina HiSeqTM 4000高通量测序平台对罗氏沼虾卵巢发育四个时期卵巢组织进行转录组测序.所测序列经质控、组装后比对到NR、String、Swiss-prot、Pfam、GO、KEGG数据库中注释,并进行差异基因聚类分析.结果 显示,四个样品共产生221580604个Clean reads,拼接获得95379个Unigenes.分别对四个样品测序文库进行两两比较,共检测到6605个差异表达基因,其中显著上调基因2410个,显著下调基因4195个.GO功能分类显示,共有6422条unigenes可分为分子功能、细胞组分、生物学过程3大类59分支,差异基因主要涉及糖类转运、氨基酸合成、酶活性、细胞膜组成等.通过KEGG通路注释,共有8423条unigenes被注释,涉及184种代谢途径,有7个代谢通路与卵巢发育相关,差异基因的KEGG富集结果显示,药物代谢细胞色素P450通路、氨基丁酸神经元突触、鞘糖脂生物合成、氮素代谢等通路富集显著.此外,对SSR与SNP分子标记进行了鉴定.研究结果为进一步探索罗氏沼虾卵巢发育机制提供了基础信息.