马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析

摘要

本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息.在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多.SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes (44.91％)匹配到GO分类条目;18150条unigenes (26.84％)获得COG注释信息,并以“一般功能预测”类最多;10981条unigenes(16.24％)富集到32条KEGG子集,其中以“信号转导”子集中富集的SNP-unigene最多.进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到“Platelet activation”等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点.基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点.