基于宏基因组学的新疆牧场羊潜在人兽共患病原菌调查

摘要

目的探究新疆牧场羊携带微生物多样性及潜在人兽共患病原菌种类,为有效防治人兽共患病提供理论依据。方法选取新疆喀什和石河子市牧场羊群,同期采集羊口咽拭子和肛拭子样品,提取DNA,采用宏基因组二代测序,比对Minikrakenv2数据库,测序结果进行物种注释、多样性和差异性分析,了解两地区羊携带的细菌种类。结果共采集羊口咽拭子72份和肛拭子231份。门水平上,两样品占主导地位的微生物为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;属水平上,两样品的优势菌属均不相同,共检出10种主要以食源性传播为主的人兽共患病原菌:大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、鲍曼不动杆菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、蜡样芽孢杆菌、化脓性链球菌和猪链球菌。经主坐标(PCoA)分析和相似性(ANOSIM)分析,两地区间羊携带细菌和潜在人兽共患病细菌的差异均有统计学意义(P<0.05)。结论新疆地区牧场羊口咽部和肛门部菌群存在多样性及地区差异性,检出的人兽共患病原菌以食源性传播为主,存在食品安全和疾病传播风险。