基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析

摘要

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用MicroSAtellite (MISA)软件对1～6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定.结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12％,平均密度为339个/Mbp.获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65％.同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估.