α类蛋白质折叠类型自动化分类研究

摘要

蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容,折叠类型分类是折叠识别的基础.通过对AS-TRAL-1.65数据库α类蛋白质所属折叠类型进行系统研究,建立蛋白质折叠类型模板数据库,提取反映折叠类型拓扑结构的模板特征参数,根据模板特征参数和TM-align结构比对结果,建立基于特征参数的打分函数Fd-score,并实现α类蛋白质折叠类型自动化分类.使用相同数据集样本,将Fdscore分类方法与TM-score分类方法对比,Fdscore分类方法的平均敏感性、平均特异性、MCC值分别为71.86％、99.49％、0.69,均高于TM-score分类方法相对应结果.上述结果表明该分类方法可用于α类蛋白质折叠类型的自动化分类.