SARS-CoV-2、HCoV-OC43和HCoV-HKU1棘突蛋白抗原表位分析

摘要

目的 探讨严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)、人冠状病毒(HCoV)-OC43和HCoV-HKU1棘突(S)蛋白抗原表位的特征.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中下载SARS-CoV-2、HCoV-OC43、HCoV-HKU1的S蛋白序列和空间结构,进行多序列比对,采用Protean软件、IEDB软件和SYFPEITHI软件进行抗原表位预测.结果 从NCBI数据库中收录的65条完整的SARS-CoV-2 S蛋白序列中选取9条S蛋白无氨基酸重复的序列,以QHZ87592.1为标准序列,其他8条S蛋白序列共出现8个位点的突变和1个位点的缺失,但均未分布在受体结合域(RBD)区域.SARS-CoV-2与HCoV-OC43、HCoV-HKU1的S蛋白RBD区域有明显差异.3种冠状病毒S蛋白S2亚基的氨基酸序列相似性较高.S蛋白的B细胞抗原表位主要集中在S1亚基,3种冠状病毒之间无相似性.HCoV-HKU1、HCoV-OC43的S蛋白S2亚基T细胞表位与SARS-CoV-2比较,均有一定的相似性,最高相似度为70.0％.结论 S2亚基的T细胞抗原表位可能是3种冠状病毒的共同抗原,HCoV-OC43和HCoV-HKU1致敏的记忆T淋巴细胞可能对SARS-CoV-2感染有交叉性的细胞免疫功能.