蛋白质空间结构相似度多参数算法模型的建立

摘要

通过收集165对蛋白质的结构文件,利用BLASTP比较它们的相似度.建立球极坐标系,分别将球体半径、方位角和仰角二等分和三等分,将蛋白质划分为8块和27块类似球壳碎片的区域.在此基础上,利用MATLAB计算12个参数相似度,用SPSS建立了二等分和三等分时总相似度和12个参数相似度的全回归模型、逐步回归模型和相关性回归模型.利用MATLAB建立BP神经网络模型,并与线性回归模型进行了对比.根据二等分时逐步回归模型的结果可以看出,原子个数相似度,C、N原子个数相似度,P、S的位置相似度以及密度相似度和总体相似度的相关性最显著.二等分时结果较三等分时好,逐步回归模型的结果最好.