基于大黄鱼基因组的微卫星标记开发与验证

摘要

大黄鱼及其姐妹种小黄鱼属鲈形目,石首鱼科,都是中国沿海重要的经济鱼类.在本研究中,我们从大黄鱼的基因组序列中开发了499,638个微卫星DNA位点,并选取了其中22个四碱基重复的微卫星在大黄鱼(n=21)和小黄鱼(n=3)中评估了基因座的多态性.在大黄鱼中共获得了220个等位基因,每个基因座平均有10±5.58个等位基因(NA).有效等位基因数(NE),观测杂合度(HO),期望杂合度(HE)和多态信息含量(PIC)分别为5.40±3.68、0.64±0.25、0.71±0.22和0.67±0.22.在小黄鱼中交叉扩增共产生了66个等位基因(NA=3±1.51),每个基因座平均的NE,HO,HE和PIC分别为2.65±1.40、0.52±0.38、0.60±0.34和0.45±0.26.所选微卫星DNA标记可以在2个物种间实现交叉扩增,有助于对大黄鱼和小黄鱼,特别是人工繁育、养殖的杂交后代开展深入的群体遗传学和种群评估研究.此外,这一方法可以进一步促进其他缺乏有效遗传标记的非模式海洋鱼类在基因组水平上开发、研究微卫星标记.