一种新的DNA模体发现聚类求精算法

摘要

模体发现问题是分析基因转录调控关系的一个重要方面.提出了一种新的基于熵的聚类求精算法——ECRmotif,用于DNA序列中的模体发现问题.ECRmotif使用灵活的概率模型从背景序列中鉴别模体.它首先使用一个基于熵的聚类过程将数据集划分为若干子集,并对各候选子集压缩其实例的搜索空间,求精得到模体.通过模拟数据和真实数据的实验,表明ECRmotif算法可以有效地提高运行速度和效率,并准确地找出模体.