多个GEO芯片联合分析筛选鼻咽癌易感基因

摘要

cqvip:目的:筛选鼻咽癌的关键基因,探讨鼻咽癌发病机制。方法:从公共基因芯片数据库(GEO)搜索有关鼻咽癌表达的数据,联合R语言分析鼻咽癌组织与正常鼻咽组织差异表达的基因;利用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键基因簇及网络节点。结果:共纳入3套鼻咽癌基因芯片数据,选出在≥3个数据集中有交集的差异表达基因116个,其中上调基因69个,下调基因47个。差异表达基因GO富集分析发现细胞分裂异常、蛋白结合改变,纺锤体装配异常、细胞外泌体功能改变与鼻咽癌发生发展相关;鼻咽癌组织细胞内部分信号通路发生显著改变,包括DNA修复、细胞外基质受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌、人T细胞白血病病毒1感染等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇及4个关键基因。结论:利用生物信息学方法能有效筛选目标基因和信号通路,为鼻咽癌的治疗提供新的策略。