紫扇贝与海湾扇贝杂交一代EST-SSR分析及分子标记开发

摘要

利用紫扇贝与海湾扇贝的杂交扇贝作为试验对象,通过转录组测序对紫海杂交一代扇贝EST (expressed sequence tags)序列进行挖掘、验证,分析微卫星(simple sequence repeats,SSR)在这些序列中的总体分布特征,开发紫海杂交一代扇贝EST SSR引物.结果 显示,紫海杂交扇贝的基因组中含有大量的微卫星DNA,且种类丰富.各种类型出现的频率相差很大,在1～～6核苷酸重复基元中,1～～2核苷酸是主要重复类型,占总SSR的92.75％.三核苷酸重复序列占比较少,为SSR总数的6.00％,四核苷酸重复序列、五核苷酸重复序列和六核苷酸重复序列的比例仅为1.25％.应用20个杂交一代个体对20对微卫星引物进行PCR扩增筛选,其中13对引物显示出多态性,共检测到36个等位基因,每个位点的等位基因变化从2个到4个不等(平均每个位点2.77),平均观测杂合度(Ho)为0.67,平均期望杂合度为(He)0.53,多态信息含量(PIC)变化范围为0.32～0.69,平均多态信息含量(PIC)为0.44.表明紫海杂交一代扇贝保持了较高的遗传多样性.试验获得的EST SSR引物,可用于紫海杂交一代扇贝的种质资源开发、定向选育及遗传结构研究.