求最佳生物序列并置排列的算法和程序

摘要

本文提出了计算最佳生物序列并置排列的程序和算法。程序使用计算进化距离的改进算法,在IBM-PC/AT上用Turbo-Pascal 4.0版开发。程序有友好的用户界面、操作简便、通用性强,可以移植到多种计算和操作环境。本文以蛋白质分子序列为例,给出了复杂赋权情形下计算进化距离和最佳并置排列的算法,证明了不同赋权方式本质上不改变改进算法的时间和空间复杂性。