金定鸭全基因组选择信号检测

摘要

在自然选择和人工选择协同作用下,中国地方鸭品种表型具有多样性。选择信号是生物进化过程中产生的基因型标记,通过选择信号检测可揭示物种进化方向。对4个福建地方鸭品种进行简化基因组测序,以连城白鸭、莆田黑鸭和山麻鸭为参考背景,检测金定鸭选择信号,探求该品种进化方向。基于SNP数据,利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行选择性清除分析,根据top 5%确定Fst和πratio阈值,将两个阈值结合以确定受选择基因组区域。3个比较组的受选择区域分别检测出349、185、316个候选基因;对候选基因进行GO和KEGG富集分析,结果显示这3组候选基因中分别有129、27、77个基因显著富集在20、6、14条通路上(P<0.05)。从这些显著富集的候选基因中挑选出可能与金定鸭重要经济性状相关的功能基因;候选基因主要参与代谢途径、PI3K-Akt信号通路、趋化因子信号通路、淀粉和蔗糖代谢等,提示金定鸭在产蛋性能、肌肉生长发育、热应激、免疫和脂肪代谢等方面经历较强人工选择。研究结果为金定鸭遗传资源保护与开发利用提供参考。