Luminal型与Basal-like型乳腺癌差异miRNAs的表达与预后分析

摘要

目的分析Luminal型和Basal-like型乳腺癌之间差异表达的microRNAs(miRNAs),探讨其表达水平与Luminal型和Basal-like型乳腺癌预后的关系。方法从基因表达综合数据库(GEO)中下载包含Luminal和Basal-like乳腺癌患者相关的miRNAs微阵列数据集GSE81000与GSE40267,利用GEO2R在线分析工具筛选Luminal和Basal-like乳腺癌之间差异表达的miRNAs。通过mirDIP数据库预测其靶基因,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)在人乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-468中验证miRNAs的差异表达。利用METABRIC数据库,采用KaplanMeier Plotter在线工具分析miR-199a-5p和miR-199b-5p表达水平与Luminal型和Basal-like型乳腺癌预后的关系。结果筛选出了35种在Luminal型和Basal-like型乳腺癌中差异表达的miRNAs。相较于Luminal型,18种miRNAs在Basal-like型中表达下调,17种表达上调。靶基因预测结果显示,35种差异表达miRNAs的潜在靶基因共4180个,其中最相关的靶基因有19个,对应的差异miRNAs为miR-199a-5p、miR-199b-5p。相较于Luminal型乳腺癌,miR-199a-5p和miR-199b-5p在Basal-like型乳腺癌中表达下调。qRT-PCR检测结果表明,miR-199a-5p和miR-199b-5p在MCF-7(Luminal型)和MDA-MB-468(Basal-like型)细胞中的表达水平与GEO2R分析结果趋势一致。生存分析结果表明,miR-199a-5p与miR-199b-5p低表达与Luminal A型乳腺癌患者的总生存率降低显著相关。结论共筛选出35个在Luminal型和Basal-like型乳腺癌中差异表达的miRNAs。其中,miR-199a-5p、miR-199b-5p与乳腺癌的预后相关,有望成为治疗的新靶点。