火龙果EST-SSR分子标记反应体系的建立与优化

摘要

基于火龙果转录组测序序列设计引物,以生物学性状差异明显的11份火龙果种质DNA为材料,采用正交试验设计,对影响火龙果EST-SSR-PCR扩增的2×Taq PCR MasterMix、引物及模板DNA浓度等因素进行了优化,在此基础上对变性聚丙烯酰胺凝胶质量浓度及上样量进行筛选确定.以期建立适合火龙果的EST-SSR-PCR最佳反应体系.结果表明,优化后的火龙果EST-SSR-PCR扩增的最佳反应体系为:10μL混合反应体系含基因组DNA 30 ng、6μL 2×PCR Mix和0.6μL(10-5mol/L)的EST-SSR引物.在聚丙烯酰胺凝胶电泳检测中,10%的变性聚丙烯酰胺凝胶质量浓度、2.5μL上样量扩增效果最佳.该体系的建立可为今后利用EST-SSR标记对火龙果遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础.