基于TCGA数据对60岁以上不同分层急性髓系白血病患者相关lncRNA的基因信息学分析

摘要

目的 通过对肿瘤基因组图谱(the concet genome atlas,TCGA)的相关数据进行分析,以得到长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及其下游靶分子,对60岁以上急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)人群预后影响的相关信息.方法 将TCGA数据库中60岁以上AML患者样本,根据美国国立综合癌症网络(NCCN)指南分为高危AML和低中危AML两组.通过R软件中的"edgeR"筛选得出差异表达的lncRNA/miRNA/mRNA.再利用R软件中的"survival"包对在高危AML与低中危AML中存在差异表达的lncRNA进行生存分析,并构建相互竞争的内源性RNA(ceRNA)网络.结果 根据TCGA数据库中的lncRNA/miRNA/mRNA表达数据,综合分析得出10个经典lncRNA(AC009154.1,AC011124.1,AC093627.2,AC144450.1,AL035691.1,AL355974.2,AL441943.2,LINC00703,LINC01612和AC103702.2)与60岁以上AML患者预后具有显著的相关性,并得到了与这些lncRNA相关的ceRNA网络.此外,还进行了两者之间存在差异表达的mRNAs基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析.结论 可以通过干预这些lncRNA的表达,影响高龄AML患者预后,从而延缓或控制高龄AML患者病情的发展.