泛素结合酶基因生物信息学与功能分析

摘要

目的：生物信息学的发展为通过在线软件预测新基因的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学方法预测泛素结合酶2S（ ubiquitin-conjugating enzyme 2S， UBE2S）生物学功能。方法以人肝癌HepG2细胞为材料，从构建的cDNA文库基因组中筛选和克隆了UBE2S基因。利用NCBI的BLAST在线分析工具分别对GenBank的非冗余核酸数据库和非冗余蛋白质数据库序列进行比对分析；采用NCBI ORF finder在线分析工具预测开放阅读框；利用ExPASy在线工具ProtParam统计基因中各种氨基酸含量，并预测理论分子量和等电点；应用ProtScale程序进行蛋白质的疏水性分析；蛋白质亚细胞定位采用在线工具（ nibb．ac．jp／form．html）预测，通过NCBI数据库GenBank分析蛋白质保守结构域；采用Protfun在线工具预测UBE2S的功能分类；采用同源模型服务软件SWISS-MODEL预测UBE2S的三维结构；采用MEGA5．05软件进行系统进化树的构建。结果 UBE2S基因编码241个氨基酸，预测相对分子质量为23770，理论等电点为8．81。跨膜结构域分析表明，UBE2S蛋白不含跨膜位点；亚细胞定位预测，UBE2S蛋白具有生长因子、离心通道、结构蛋白功能的概率为8．904、0．313和0．291。同源性比较分析结果表明，其碱基序列与已经报道的其他12个物种的相似率为90％～97％，且符合种属之间的进化关系。结论 UBE2S蛋白结构和功能的分析不仅丰富了其家族基因信息，还将为后续肝癌发生发展的分子机制实验研究奠定基础。