不同基因型HBV大S蛋白生物信息学初步比较分析

摘要

目的对不同基因型HBV的大S蛋白进行生物信息学比较研究，并分析其意义。方法从Gen—Bank中获取不同基因型（A～J）HBV的大S蛋白核苷酸与氨基酸序列，采用Clustal X，Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸序列比对，计算核苷酸和氨基酸同源性，应用在线软件TMHMMv2．0以及AntheProt5．0软件分析大S蛋白跨膜区、信号肽与二级结构。结果不同基因型大S蛋白基因核苷酸同源性为83．0％～95．3％，氨基酸同源性为79．5％～95．5％；preS1功能结构域（氨基酸1～75）含有多个高变异位点（氨基酸3、氨基酸28、氨基酸40、氨基酸43和氨基酸73）；S蛋白有4次跨膜，S蛋白膜外功能结构域（氨基酸99～172）较保守，含有多个保守的半胱氨酸残基位点；S蛋白中存在潜在信号肽结构，氨基酸27和氨基酸98为潜在信号肽断裂位点；不同基因型大S蛋白均富含潜在仪螺旋、B折叠和卷曲结构。结论不同基因型HBV大S蛋白中差异较大区域是preS1，而S区相对较保守，为抗HBV药物设计、基因工程疫苗改良和HBV的致病机制等的研究提供依据。