基于GEO数据库分析源于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤的基因表达特点

摘要

目的筛选出来自于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤(transforming follicular lymphoma,tFL)与滤泡性淋巴瘤(follicular lymphoma,FL)和弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)的差异表达基因并进行生物信息学分析,从而探究它们间的差异以及tFL发展的生物学过程,为后续实验寻找潜在靶点。方法利用GEO数据库筛选出tFL、FL、DLBCL的基因集,分析差异基因,进行GEO富集可视化分析、基因本体(Gene ontology,GO)富集分析、京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。结果tFL与FL的基因集共找到11388个差异表达基因,GO富集分析发现差异基因的功能主要集中在轴突生成、树突发育等;KEGG通路分析发现关键途径为轴突导向、Hippo信号通路等。而tFL与DLBCL共有17216个差异表达基因,GO富集分析差异基因的功能主要集中在调节细胞发育、组蛋白的修饰等;KEGG通路分析发现关键途径为轴突导向、刺激神经组织的配体受体的交互作用等。结论tFL虽然形态学上与DLBCL相似,但从基因表达上看更接近FL。tFL与FL在形态上的差异,是对轴突、树突的发育调节及对细胞成分和细胞发育的调节等多方面共同作用的结果。