AtNUDX6/7基因缺失型拟南芥基因芯片表达谱的生物信息学分析

摘要

目的 Nudix水解酶基因在多个信号通路中具有调节作用,却很少有研究探讨2个或多个以上拟南芥Nudix水解酶基因缺失时的分子机制.因此本研究拟对AtNUDX6和AtNUDX7基因共缺失型植株的特异差异表达基因进行筛选分析.方法 从公共基因芯片数据库中下载拟南芥相关基因芯片数据,使用BRB-Array Tools软件进行差异表达基因筛选,并利用Metascape和Cytoscape工具进行生物信息学分析.结果 Metascape分析发现AtNUDX6和AtNUDX7基因共缺失型植株差异基因显著参与免疫系统过程、真菌应对反应、缺水应对反应、次级代谢过程、茉莉酸刺激的反应、药物反应、防御反应的调控、活性氧反应、次生代谢物生物合成过程、对光强度的响应等多个生物过程(P<0.01).KEGG通路分析发现,差异基因主要参与植物-病原菌相互作用、α-亚麻酸代谢、苯丙烷类化合物的生物合成以及植物激素信号转导(P<0.05).Cy-toscape进一步分析发现了AHB1、F13K9.15、NF-YC12以及AKT1共4个重要核心蛋白.结论 筛选所得关键通路及关键基因可能在拟南芥Nudix水解酶功能发挥过程中扮演重要角色,但具体作用与机制仍需进一步研究.