美洲鲎miRNA的生物信息学挖掘与分析

摘要

利用miRBase数据库中已有动物的小RNA(miRNA),通过生物信息学方法对美洲鲎(Limulus polyphemus)表达序列标签(Expressed Sequences Tag,EST)和c DNA进行序列比对,挖掘美洲鲎miRNA,得到了72个miRNA前体(pre-miRNA)、49个可编码成熟miRNA,隶属于40个miRNA家族。miRNA家族归类结果表明,无论在低等脊椎动物还是高等动物中,miRNA家族的存在都是相当保守的。以miR-10基因前体为例,分析其序列与其他物种同源序列的差异,显示miRNA序列的高度保守性。miR-10前体序列分析系统进化发现,物种聚类与传统分类亲缘关系一致。