基于siRNA-mRNA结合热力学特征的高效siRNA筛选

刘元宁; 徐宝林; 张浩; 陈竟博; 韩烨; 禹剑龙

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基于siRNA-mRNA结合热力学特征的高效siRNA筛选

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siRNA与靶标mRNA的相互作用的热力学特征对于其干扰效率至关重要.RNAup是维也纳RNA软件包提供的预测靶标区域的可接触性(accessibility)的软件,将其预测的热力学特征加入到siRNA序列特征里,用支持向量机筛选高效的siRNA,该模型能够很好地预测出高效的siRNA,准确率达到88.12％,敏感度和特异性分别为88.35％和87.94％.

著录项

来源
《吉林大学学报（工学版）》 |2014年第1期|191-195|共5页
作者
刘元宁; 徐宝林; 张浩; 陈竟博; 韩烨; 禹剑龙;
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作者单位

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012;

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012;

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012;

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012;

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012;

吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;

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正文语种 chi
中图分类在其他方面的应用;
关键词
计算机应用; 热力学; RNAi; 支持向量机; 干扰效率预测;

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