黄瓜CBP60基因家族鉴定及表达分析

摘要

CBP60s(Calmodulin-binding protein 60)是植物所特有的钙调素结合蛋白家族之一,在调节黄瓜生长发育及应对盐胁迫时发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法对黄瓜全基因组中筛选鉴定到的17个CBP60基因家族成员,进行基因序列特征、染色体定位、亚细胞定位、基因结构、系统进化、启动子顺式作用元件和表达模式分析,探讨其基因功能及表达模式。黄瓜CBP60基因分子量为17307.87~99117.13 Da,等电点在5.55~9.96之间;17个CsCBP60基因家族成员不均匀分布在黄瓜染色体chr1、chr2、chr4、chr5上,部分基因在chr1上形成基因簇,并发生6个串联重复事件;亚细胞定位预测发现CsCBP60基因定位于叶绿体、细胞核、线粒体;CsCBP60基因均具有CaM结合结构域;CsCBP60基因家族可分为3个亚家族(ClassA-C),黄瓜与甜瓜的CBP60基因之间发生了10对共线性事件,与甜瓜亲缘最近。CsCBP60家族成员含有光响应和脱落酸响应、生长素响应、E-box、W-box等胁迫响应元件。在75 mmol/L NaCl处理24 h后,CsCBP60基因均有不同程度的响应,其中CsCBP60-1/3/7/8/9/11/15响应强烈,且在根部高表达,推测其可能在盐胁迫下发挥重要作用。本研究为进一步开展CsCBP60s功能研究提供了参考,有助于揭示该家族成员应对盐胁迫时的作用机制。