基于WGCNA研究激素性股骨头坏死相关核心靶点

摘要

目的:利用加权基因共表达网络(WGCNA)探索激素性股骨头坏死(SANFH)的生物学治疗靶点.方法:从GEO数据库中下载GSE123568芯片数据,标准化后进行差异分析和WGCNA,以|Log2FC|＞1和P＜0.05作为差异基因的筛选条件,并结合WGCNA挖掘与SANFH相关性最高的共表达模块,找到共有的交集基因,分析GO和KEGG的富集情况,了解交集基因的生物学功能,将交集基因导入String数据库中构建蛋白质相互作用网络(PPI)图,利用Cytoscape3.7.2软件中的cytoHubba寻找Hub基因,对Hub进行功能富集分析及受试者工作特征曲线(ROC曲线)诊断验证,利用GeneMANIA数据库构建Hub基因之间的网络互作图.结果:从GEO数据库中下载样本40例,包括正常组10例和SANFH组30例,通过差异分析获得了 384个满足条件的基因,经WGCNA方法得到4个共表达模块,从中筛选出相关性高的模块,结合差异基因共得到225个交集基因,交集基因的功能富集结果显示,主要在红细胞和骨髓细胞的发育、分化及稳态上富集明显;通过Cytoscape3.7.2软件分析最终得到4个关键基因:GATA1、SLC4A1、EPB42和DMTN,关键基因的富集结果和交集基因的富集结果一致,ROC曲线提示4个基因具有很好的诊断价值.结论:本研究分析得到4个与SANFH具有显著相关性的关键基因,这些基因表达的降低可能促进SANFH的发生和发展,可作为诊断和治疗的潜在靶标.