基于生物信息学的食管鳞癌相关基因筛选及其预后生存分析

摘要

目的 利用生物信息学筛选食管鳞癌(ESCC)预后相关基因。方法 利用GEO数据库中GSE17351、GSE26886、GSE77861、GSE161533、GSE20347、GSE23400及GSE75241共7个数据集筛选出食管癌及其癌旁组织中差异表达基因(DEGs),再行GO、KEGG分析,构建蛋白互作网络(PPI)并筛选核心基因;通过Kaplan-Meier法利用TCGA数据库中ESCC相关数据分析核心基因与ESCC预后相关性。结果 共筛选出775个DEGs,其中上调325个、下调450个,主要涉及细胞外结构组织、细胞外基质组织、角质化等生物过程以及IL-17信号通路、细胞外基质受体相互作用、细胞周期等信号通路。从5个PPI子网络中筛出12个核心基因UBE2C、MCM7、COL3A1、COL7A1、COL5A2、COL4A1、CXCL10、ANXA1、NMU、ISG15、LUM、CCNA1,其中MCM7低表达组生存率显著高于高表达组(P=0.047),而CCNA1和ANXA1高表达组生存率显著低于低表达组(分别P=0.025、P=0.035)。结论 MCM7、CCNA1、ANXA1基因与ESCC生存预后具有显著相关性。