高邮鸭卵巢中双黄蛋性状相关lncRNA表达差异分析

摘要

[目的]为探究lncRNA对高邮鸭双黄蛋性状调控机制,采用全转录组测序方法对高邮鸭双黄蛋高、低产组的卵巢组织转录组进行分析,筛选影响高邮鸭双黄蛋性状的候选关键长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).[方法]通过个体笼养筛选高邮鸭双黄蛋高、低产组个体各3只,采取卵巢组织并通过Illumina HiSeq2500高通量测序进行转录组测序,结合参考基因组对所获得的序列进行序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选出差异表达lncRNA并进行GO富集分析.通过荧光定量PCR(Real-time PCR,RT-PCR)方法检测部分ln-cRNA表达水平,验证测序结果的可靠性.[结果]通过参考基因组比对和差异表达分析,初步获得279条差异表达lncRNA,其中显著性上调差异表达lncRNA 109个,显著性下调差异表达lncRNA 170个.结合GO分析和向无环图分析,最终获得了18条候选lncRNA,它们参与细胞质翻译、内皮细胞分化正向调控和磷脂酰肌醇-3-磷酸结合等多个生物过程.在此基础上,对上述18条候选lncRNA进行靶基因分析,显示有2对差异表达lncRNA和靶基因之间存在着潜在调控关系:XLOC_000924和LOC106018336以及LOC106018964和LOC113843289.另外,TCONS_00001086的靶基因ADAMTS1与卵巢排卵功能关系密切.qRT-PCR验证结果表明,筛选出的lncRNA表达趋势与转录组测序中表达的趋势相似,说明测序结果可靠.[结论]对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织进行了转录组测序分析,初步筛选出了18个差异表达lncRNA和对应的靶基因可能参与高邮鸭双黄蛋性状的调控,为进一步了解高邮鸭双黄蛋性能的综合调控机制提供了新的参考依据.