基于大鼠心肌组织mRNA表达谱筛选冠状动脉性猝死相关生物标志物

摘要

目的探寻冠状动脉性猝死(sudden coronary death,SCD)大鼠心肌组织信使RNA(messenger RNA,mRNA)的差异表达,为SCD的法医学鉴定提供思路。方法建立SCD大鼠模型,利用二代测序技术进行转录组测序;用R软件limma包筛选SCD大鼠心肌组织中差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件对DEG构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并基于cytoHubba插件筛选相关hub基因。用R软件clusterProfiler包对筛选到的DEG进行生物学功能和信号通路富集分析。结果共有177个DEG与SCD相关,主要参与肾素-血管紧张素系统、PI3K-Akt信号通路等。血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)、补体成分4a(C4a)、Fos原癌基因(Fos proto-oncogene,FOS)等基因在SCD的发生发展过程中发挥关键作用。结论AGT、C4a、FOS等基因有望成为鉴定SCD的潜在生物标志物,基于mRNA表达谱的研究可为SCD的法医学鉴定提供参考。