冠状动脉疾病差异基因富集和加权基因共表达网络分析

摘要

目的 采用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析探讨冠状动脉疾病的差异表达基因,挖掘与冠状动脉疾病发病相关的关键基因.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库下载GSE71226数据集,筛选冠状动脉疾病差异基因并进行富集分析;对差异基因进行基因集富集分析,筛选冠状动脉疾病差异表达基因相关的微小RNA(miRNAs)并构建调控网络;根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与临床信息的相关性;选取与临床表型显著相关的模块,构建蛋白质互作网络并筛选核心基因.结果 经筛选,共获取冠状动脉疾病差异表达基因130个,富集于Hippo、流体剪切力与动脉粥样硬化、一磷酸腺苷依赖的蛋白激酶(AMPK)、Wnt、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)样受体和白细胞介素17等信号通路上.富集分析显示,miR-503-3p、miR-3674、miR-5088-Sp、miR-4486等miRNAs与冠状动脉疾病关系密切.根据基因表达的相关性,获取10个共表达模块,其中洋红色模块与冠状动脉疾病发病显著相关.经拓扑分析,BMP4和C3在网络中处于核心地位.结论 冠状动脉疾病发病过程中基因表达存在显著差异,其病理过程涉及多靶点、多通路,可能受到多个miRNAs调控.BMP4和C3可能是冠状动脉疾病发病的关键基因.