基于TCGA数据库前列腺癌预后相关mRNA风险模型的构建

摘要

利用生物信息学方法,深入分析TCGA基因组数据库,利用数据库的前列腺癌全转录组数据构建前列腺癌的风险模型.对TCGA数据库收录的492例前列腺癌癌组织和52例癌旁组织做基因差异分析,筛选出差异基因后进一步对上调基因做GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.以上调最明显的10个基因做为候选基因,进一步分析各基因对前列腺癌患者预后的影响.最后,使用COX风险回归模型,构建多基因的COX回归风险模型.结果表明基因表达差异分析共筛选表达上调基因1978个,下调基因1644个.其中上调最明显的基因为:PCA3、AMACR、MTND4P12、RNY3P8、DLX1、OR51E2、PCAT14、GOLM1、HPN、GLYATL1.生存分析结果提示高表达PCA3、MTND4P12、RNY3P8、OR51E2、PCAT14、GOLM1均提示前列腺癌预后不良.基于上述6个基因,构建的风险模型对前列腺癌风险具有良好的预测精度.可筛选出前列腺癌患者中高风险的患者. PCA3、MTND4P12、RNY3P8、OR51E2、PCAT14、GOLM1在前列腺癌组织中高表达,且高表达该基因提示预后不良.提示,上述基因可能在前列腺癌的发生、发展中发挥重要的作用.