基于候选基因开发gSSR标记加密黄花菜和萱草种间遗传图谱

摘要

为了更加精准地开展黄花菜基因组组装和性状定位,在课题组前期构建的大同黄花×摇篮曲种间遗传图谱的基础上,基于大同黄花全基因组和转录组数据库,针对秋水仙碱及昼夜节律2个关键性状所涉及的候选Unigene开发基因组SSR标记,进一步通过55个F1后代加密图谱.结果表明,新开发的95个gSSR标记中有46个标记在亲本及子代间具有多态性,多态性比例为48.42％,有22个gSSR标记到图谱上,同时有12个前期未上图的EST-SSR标记加密到新图谱.加密后的遗传图谱包含255个标记,由9个连锁群组成,总图距为3142.64 cM,平均图距为11.88 cM,各连锁群标记数量为5～58个.研究结果为进一步研究黄花菜秋水仙碱含量及昼夜节律的功能基因定位奠定了重要基础.