基于R软件和数据库的生物信息学分析设计

摘要

cqvip:选取NCBI基因表达谱数据库中访问号为GSE41439的基因芯片数据集为分析对象,首先利用R软件筛选差异表达基因并绘制成聚类热图,然后将差异基因上传至DAVID数据库进行GO功能与KEGG通路富集分析,接着利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化,以直观地观察蛋白与蛋白之间的相互关系。由蛋白互作网络筛选出4个关键基因:PIK3R1、GNAS、GNAL、GNG4,可对其进行更深入的讨论。此方法适用于多种基因芯片的研究,具有很好的可推广性,将其运用于疾病相关的基因芯片,可为医学诊断与精准治疗提供一定的帮助。