高通量测序数据中Split read映射方法的研究

摘要

高通量测序技术的快速发展与广泛应用为计算机科学带来了新的挑战，read的映射问题是其中非常重要的一个部分。Splitread是一类特殊的read，其出现通常是由基因组中的结构变异造成的。这类read在映射中不再保持连续序列的形式，而是包含了一定长度的空位，因此具有较高的映射难度。提出一种利用双末端测序数据的映射结果来指导splitread映射的方法，这种方法可以使splitread的映射难度不再与其所包含的空位数量相关，从而降低了映射过程中的搜索空间，提高映射效率。