一起由诺如病毒和肠道腺病毒混合感染引起的急性胃肠炎聚集性疫情的病原鉴定及进化分析

摘要

目的对一起儿童急性胃肠炎聚集性疫情的病原进行鉴定、分型及进化分析。方法收集本次疫情患儿粪便标本,提取核酸,采用实时荧光PCR初步进行病原鉴定。通过反转录-聚合酶链反应对诺如病毒阳性标本的聚合酶区和衣壳VP1区部分基因序列进行扩增;通过PCR对腺病毒阳性标本的六邻体区部分基因序列进行扩增。对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件及网站对病毒进行型别鉴定及进化分析。结果共收集到3例患儿粪便标本,诺如病毒和腺病毒均为阳性。3株诺如病毒毒株均为诺如病毒GII.P12-GII.3型,其聚合酶区部分基因序列(206 bp)与2015─2018年我国GII.P12-GII.3型诺如病毒参考序列的同源性为98%,且位于同一进化树分支上;3株腺病毒毒株均为腺病毒F亚属41型(F41型),其六邻体区部分基因序列(420bp)与2015─2019年我国F41型腺病毒参考序列的同源性为100%,且位于同一进化树分支上。结论本次儿童急性胃肠炎聚集性疫情是由GII.P12-GII.3型诺如病毒和F41型腺病毒混合感染引起,毒株序列分别与近年来我国流行的GII.P12-GII.3型诺如病毒及F41型腺病毒序列高度同源。本研究为混合感染急性胃肠炎疫情病原的快速鉴定及溯源分析提供了参考。