银木种子园及基于SNP标记的遗传分析

摘要

银木是我国南方珍贵用材和特用经济树种,作为国家级良种基地的重庆市大足区西山林场建立了中国第一个银木种子园,建园亲本来自重庆大足区、铜梁区、宜宾市、高县、江安县、宜宾县、兴文县等地的优树材料。为了弄清这些个体间的亲缘关系及群体的遗传多样性水平,本研究以银木同属物种沉水樟的基因组作为参考基因组,采用GBS测序策略开发了银木SNP分子标记。结果表明:银木与沉水樟基因组平均比对率为96.13%。经条件过滤,我们共获得127825个SNP位点,利用这些位点信息构建了59个亲本的亲缘关系图谱,并进行了群体杂合度和核苷酸多样性分析。亲本群体期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为0.1696和0.1916;核苷酸多样性(pi)为0.1712。研究结果为今后银木种子园改良和良种选育提供了基础数据和信息。