全基因组预测目标基因的新方法及其应用

摘要

运用隐马尔可夫模型, 利用Perl编程, 以几种模式生物的蛋白质数据库为基础, 构建了目标基因的全基因组预测的新方法.该方法具有高通量, 准确度高且操作简易等优点, 特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势.应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测, 其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白;籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白;拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白;红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白;蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白, 但蓝细菌含有10个TPR蛋白, 古细菌有4个TPR蛋白, 并对所得结果进行了进一步生物信息学分析.