巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析

摘要

从NCBI网站下载橡胶树(Hevea brasiliensis)品种RRIM 600的全转录组数据(登录号:JT914190-JT981478),利用SSR软件MicroSAtellite (MISA),并采用含有1～10个碱基重复、碱基数在12 bp以上的鉴定标准对SSR基元进行鉴定分析.结果表明,从RRIM 600的全转录组数据中,共发现91 846个SSR,分布于42 859条Unigene中,发生频率为63.71％.橡胶树转录组SSR的平均长度为9 bp,平均分布频率是1/0.92 kb.其中含6个碱基重复基元类型最多,共有52 615个,占所鉴定SSR总数的57.29％.同时对这些SSR的可用性进行了评价.