妊娠期糖尿病相关差异表达基因的生物信息学分析

摘要

目的探讨妊娠期糖尿病(GDM)表达差异基因的功能及信号通路生物信息学分析。方法从GEO数据库下载基因芯片数据(GSE65737,GSE70493和GSE92772),用R语言软件Limma包,以P<0.05,|Log10FC|≥1或≥2标准筛选差异显著基因,并用ggplot包绘制图。应用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行差异基因功能分析,并使用Cytoscape进行文献共线分析。结果GSE65737,GSE70493和GSE92772分别筛选到588,3,445个差异显著基因。GSE70493与GSE92772筛选到48个共同的GO富集,主要富集于细胞体内平衡,细胞代谢,囊泡转运,免疫应激反应等。文献共线分析得到7个可能同GDM相关的候选基因。结论基因IL1B、ICAM1、NLRP3、CXCL10、SOCS3、IRF3、IRF7可能与GDM发病进展密切相关,为GDM靶向药物的开发提供潜在靶点。