基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

摘要

目的 构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异.方法 利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基因多态性分析.用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA和gyrB基因的进化树.用MEGA 6.06软件的Kimura's 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA和gyrB基因的遗传距离和序列相似性.比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异.结果 16S rRNA和gyrB基因序列相似性平均值分别为95.0％、80.8％.在16S rRNA基因进化树中,S.marinintestina和S.sairae、S.livingstonensis和S.vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开.16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小.结论 与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定.