番鸭羽色性状相关差异表达基因的转录组对比分析

摘要

为进一步研究番鸭羽色性状的遗传机制,运用Illumina高通量测序技术对黑羽及白羽番鸭皮肤组织进行转录组测序(RNA-seq),利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对部分RNA-seq数据进行验证后,经基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释以及蛋白互作网络数据库(STRING)对差异表达基因功能进行筛选和功能分析。结果显示:RT-qPCR验证结果与RNA-seq结果比对,差异表达基因变化趋势一致,黑羽番鸭与白羽番鸭皮肤中发现显著差异表达基因684个,其中上调差异表达基因362个,下调差异表达基因322个,进一步筛选获得番鸭羽色性状相关候选差异表达基因20个,其中溶质载体家族24成员4(SLC24A4)、SLC24A5、酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)、多巴色素异构酶(DCT)、溶质载体家族7成员11(SLC7A11)和小眼畸形相关转录因子(MITF)可能对番鸭羽色的遗传调控起重要调控作用。试验结果丰富了番鸭羽色性状遗传机制的研究,并为番鸭的进一步选育提供了新的数据支撑。