国槐不同器官转录组分析及EST-SSR引物开发应用

摘要

以国槐品种“青云1号”的根、茎、叶3种不同器官为材料,利用高通量测序技术分别对其进行转录组测序,筛选其根、茎、叶差异表达基因,进行生物信息学分析及EST-SSR分析。通过转录组两两对比筛选得到的根vs.茎、根vs.叶及茎vs.叶差异基因数分别为51 937、52 711和7 193条,进一步对其进行GO及KEGG富集分析。结果表明:差异基因显著富集于代谢过程、催化活性、糖酵解和糖质新生等功能。EST-SSR分析表明,国槐根、茎、叶的SSR序列长度均在10~80 bp间变化,主要以10~22 bp的短序列为主,且主要以单核苷酸重复为主,从30对有效性引物中筛选出9对多态性较高的引物,并构建了11个不同国槐无性系的指纹图谱。