红灯笼猪种质资源鉴定及其特异性基因位点挖掘

摘要

红灯笼猪是优质的江苏省地方畜禽资源。为探明红灯笼猪种质特异性,解析其种质特性背后的关键基因位点,本试验选取了包括红灯笼猪、米猪和淮猪在内的45个欧亚猪种1228头猪的基因组数据,通过邻接系统发育树、遗传距离、遗传分化系数、祖先血统组成K分析(K postulated ancestral populations)以及位点特异性分枝长度(locus-specific branch length,LSBL)分析等进行整合分析。结果显示:红灯笼猪在邻接系统发育树分析中独立成簇,没有与其他猪种交叉。在遗传距离和遗传分化系数分析中,红灯笼猪与其他猪种,包括淮猪和米猪,都保持较远的遗传距离和遗传分化,这种差异甚至超过了梅山和二花脸等现有确认的地方猪种间差异。此外,在祖先血统组成分析中,红灯笼猪在K=39时,形成了独立的祖先血统组成,此时的二花脸和米猪仍共享同一个祖先血统,表明红灯笼猪进化路线特异。最后通过将红灯笼猪、米猪和淮猪进行LSBL分析,结果发现相关位点所注释到的基因主要富集在生长代谢、抗病性和神经发育等功能上,表明红灯笼猪在种质形成过程中,相关性状受到选择。本试验确定了红灯笼猪的品种独立性,初步解析了红灯笼猪种质的遗传机制,为进一步保护和利用这一珍贵猪种奠定了理论基础。