1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

摘要

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析。RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3′和5′末端采取3′-RACE和5′-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11863个核苷酸。DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较。与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%。本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考。