SARS冠状病毒S基因序列及细胞抗原表位预测

摘要

目的　比较SARS冠状病毒各分离株S基因序列及氨基酸序列之间的差异 ,预测SARS -CoV的S蛋白的抗原表位。方法　利用Lasergene软件包中的EditSeq从 2 1株SARS冠状病毒分离株截取S基因序列并翻译成氨基酸序列 ,然后用ClustalX软件对截取序列进行比较分析 ,确定基准株 ,最后用Protean软件对基准株进行抗原表位预测。结果　在 2 1株分离株的S基因中有 8株核苷酸序列、13株氨基酸序列没有发生点突变 ;预测出 78个可能性抗原表位。结论　SARS -CoV的S蛋白相当保守 ,只发生个别点突变 ,可能性抗原表位多 ,且在其中的 14个区域中可能性最显著。