2006～2008年重庆部分区县PRRSV分离株ORF5和Nsp2基因的遗传变异分析

摘要

为了解重庆市PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2006-2008年分离到的14株重庆市内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和ORF5基因序列的测定和分析。结果显示,与2006年以来国内流行的变异毒株相比,Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到97.3%-99.5%和98.2%-99.7%,这2个基因推导的氨基酸序列同源性分别达到95.7%-99.2%和98.0%-99.5%。与传统毒株相比,Nsp2和ORF5基因及其推导的氨基酸都存在点突变,并在Nsp2基因内部存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失,ORF5基因未存在缺失。从遗传进化以及变异情况看,重庆市流行的PRRSV主要为变异毒株,属于美洲型中的亚群Ⅱ。