东方田鼠长江亚种和指名亚种基因组DNA序列比较分析

摘要

根据东方田鼠基因组DNA序列片段 (GenBank登录号 :AF2 77394 ) ,通过PCR方法扩增东方田鼠长江亚种(Microtusfortiscalamorum)和宁夏指名亚种 (Microtusfortisfortis)基因组DNA ,得到一 6 70bp左右的特异扩增片段。将PCR扩增产物克隆到pGEM Teasy载体 ,进行DNA序列分析 ,并用生物信息学方法比较东方田鼠长江亚种与指名亚种之间该序列的差异。结果表明 :在东方田鼠两个亚种中共发现 19个不同的等位基因 ,不同的个体在该序列存在广泛的单个核苷酸多态性 (SNP) ,多态性位点多达 2 5个 ;变换类型包括 :转换 (G→A、A→G、T→C、C→T)、颠换 (G→T、A→T、T→A、C→A)、插入 (CA)和缺失 (TGTTTT)。东方田鼠长江亚种和指名亚种两个种群之间存在明显差别 ,尤其是在 14 6、192、2 2 3、2 2 4、2 35位 ,但两种群间同源性仍高达 98%。同时采用系统发育树 (phylogenetictree)分析方法 ,对两个亚种的亲缘关系进行了分析和比较 ,结果显示 。