二穗短柄草CCCH型锌指蛋白基因家族成员的鉴定和分析

摘要

CCCH型锌指蛋白基因以基因家族的形式存在，在信号转导调控、形态发生和逆境应答等诸多生物学过程中起着重要作用。为给该基因的克隆及功能研究提供参考信息，本研究针对二穗短柄草的基因组序列，运用多种生物信息学方法在全基因组范围对CCCH型锌指蛋白基因进行了鉴定分析。结果表明，二穗短柄草共有61个含CCCH基序的蛋白质，它们的基因 DNA序列全长825~13 288 bp，内含子数量0~13个，编码区全长498~4 944 bp，编码165~1 007个氨基酸；共检测到145个CCCH基序，以C X8 C X5 C X3 H和C X7 C X5 C X3 H最为常见；基因不均等地分布在5条染色体上，其中2号染色体分布最多，有21个，5号染色体分布最少，仅4个；系统发育分析表明，61个成员可分为8组。