基于2个保守基因分析湘赣南部区域野生柑橘上衰退病毒分离株的种群特征

摘要

【目的】比较分析湘赣南部地区野生柑橘上的CTV种群特征,为解析CTV种群的遗传进化提供重要依据。【方法】应用RT-PCR对江西崇义、湖南道县、湖南莽山和湖南江永4个不同地理区域的野生柑橘CTV分离株的CP基因和p23基因进行扩增、测序,所获得序列与从GenBank下载的国内外具有代表性的分离株相应基因序列进行碱基组成、分子变异(AMOVA)分析、系统发育和中介网状关系结构分析。【结果】碱基组成分析显示,4个地区的CTV分离株上2个基因的A+T碱基含量均高于G+C含量;CP基因和p23基因AMOVA分析结果显示,种群内分子变异分别占85.8%和82.38%,种群间分别占14.20%和17.62%,基因流Nm分别为6.749和1.475;碱基错配分析显示,2个基因均呈多峰分布曲线,表明4个地区CTV种群变化保持稳定;重组分析显示,2个基因均未检测出重组事件的发生,基于2个基因构建的系统发育树显示,相同地理来源的CTV种群大部分聚集在同一簇中,少部分分散在不同簇,表明研究分析的CTV种群间亲缘关系与其地理来源存在相关性,中介网状关系结构图得出类似分析结果。【结论】4个地区的野生柑橘上CTV种群间遗传变异主要来自种群内,各地区间基因交流频繁,遗传差异小,CTV种群保持稳定,CP基因和p23基因构建的系统发育分析和中介网状关系结构图表明,湘赣南部地区的野生柑橘上CTV种群间亲缘关系与其地理来源存在相关性。