葡萄全基因组SSR分析和数据库构建

摘要

利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低。SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小。三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR。利用这些SSR序列共设计出80 065(69.9%)对SSR引物。另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://www.yaolab.sh.cn/ssr。