加权基因共表达网络筛选HIV-1转录过程中关键circRNA

摘要

目的筛选参与HIV-1转录过程中可能起关键生物学作用的环状RNA(circRNA)。方法采集HIV-1感染者和健康人的血液样本,分离外周血单个核细胞(PBMCs),采用PCR荧光探针法对PBMCs内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,同时对样本的基因表达谱进行检测。采用加权基因共表达网络法(WGCNA)构建含有circRNA和mRNA的共表达网络模块,对模块内的circRNA可能参与的生物学功能进行分析,并筛选可能起关键作用的circRNA。结果基于WGCNA共构建出17个功能性模块,筛选出与HIV-1转录相关性最强的darkred和darkturquoise模块。在darkred模块中筛选出2个circRNA:hsa_circ_0013704和hsa_circ_0059500,这两个circRNA可能通过与NAMPT、CMTM2蛋白相互作用发挥其蛋白海绵功能,从而解除它们对HIV-1 Tat蛋白的抑制作用,进而促进HIV-1的基因转录激活。结论hsa_circ_0013704和hsa_circ_0059500在HIV-1转录过程中可能具有重要作用,但其生物学机制有待进一步实验证实。